Inhaltsverzeichnis
21: Modulare digitale (dezentrale) Infrastruktur
- Themen
- Problemstellung, Herausforderungen und Anforderungen
- Konzept und Umsetzung: LabInform-Komponenten
- Anwendung auf die eigene Praxis
- Vorteile gegenüber Alternativen
- Folien
- Glossar
Zentrale Aspekte
- Forschungsdatenmanagement umfasst viele weitere Aspekte
neben Metadaten, Protokoll der Verarbeitung und ELN. - Essentiell sind lokale PIDs, lokale Repositorien, Versionsverwaltung
und Werkzeuge zum Wissens- und Projektmanagement. - Verantwortung für Inhalte, Qualitätssicherung und Strukturen
liegt bei den Forschenden, nicht bei Institutionen. - Schlüssel zum Erfolg einer digitalen Infrastruktur sind
Modularität, Dezentralität und bewährte Komponenten. - Nur dezentrale Lösungen sind erfolgsversprechend.
Die notwendige Infrastruktur ist von Gruppen handhabbar.
Fragen zur Vertiefung und Wiederholung
Diese Fragen dienen der persönlichen Beschäftigung mit der Thematik, werden aber nicht separat in der Vorlesung besprochen.
- Warum genügen Metadaten während der Datenaufnahme, ein lückenloses Protokoll zur Datenverarbeitung und ein elektronisches Laborbuch nicht für ein umfassendes Forschungsdatenmanagement? Welche weiteren Aspekte sind essentiell, um die Nachvollziehbarkeit potentiell sicherzustellen?
- Welche grundsätzlichen Eigenschaften sollten die verwendeten Komponenten einer digitalen Infrastruktur zur Unterstützung der Forschung aufweisen und warum?
- Warum ist es von Vorteil, bewährte Komponenten aus anderem Kontext für eine digitale Forschungs-Infrastruktur zu verwenden anstatt selbst Werkzeuge zu entwickeln?
- Wenn eigene digitale Werkzeuge entwickelt werden, worauf sollte dann geachtet werden und was ist üblicherweise ein großes Problem dieser Werkzeuge?
- Wie lässt sich technisch vergleichsweise einfach die Unversehrtheit digitaler Daten überprüfen, und warum sollte das getrennt für Daten und Metadaten erfolgen?
- Welchen Anforderungen sollten lokale dauerhafte und eindeutige Kennungen genügen?
- Was sind Anforderungen an eine Versionsverwaltung? Warum ist eine Versionsverwaltung nicht nur für die Softwareentwicklung relevant?
- Warum empfiehlt es sich, auch bei einer \foreign{per se} dezentralen Versionsverwaltung ein \enquote{zentrales} Repositorium zu pflegen? Welchen Anforderungen sollte dieses Repositorium genügen, was ließe sich einfach darauf aufsetzen?
- Welche Gründe lassen sich dafür anführen, dass individuelle Arbeitsgruppen eine dezentrale digitale Forschungs-Infrastruktur pflegen, statt sich auf zentrale Dienste der institutionellen Rechenzentren zu verlassen?
LabInform-Komponenten
Für manche LabInform-Komponenten gibt es bereits Dokumentation etc.
LabInform ELN
- Demoinstanz:
- https://eln.labinform.de/
- Dokumentation
- https://eln.docs.labinform.de/
- Preprint (ChemRxiv)
- https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-2tvct
LabInform Datasafe
- Dokumentation
- https://datasafe.docs.labinform.de/
LabInform Wiki-Komponenten
- Demoinstanz:
- https://demo.wiki,labinform.de/
Hier fehlen allerdings zu manchen Bereichen aktuell (07/2024) noch die Inhalte.
Für die ELN-Komponenten vgl. die ELN-Demoinstanz: https://eln.labinform.de/
Weiterführende Literatur
Eine kommentierte und handverlesene Liste mit weiterführender Literatur zum Thema. Die Auswahl ist zwangsläufig subjektiv.
Das (zugegeben nicht mehr ganz aktuelle) Manuskript zu LabInform ist als Preprint auf ChemRxiv verfügbar: [Biskup, 2022Biskup, Till (2022): LabInform: A modular laboratory information system built from open source components, ChemRxiv 2022:1-8].
Eine sehr gute Einführung in Versionsverwaltung allgemein und die Spezifika von git liefert das Pro Git book [Chacon, 2014Chacon, Scott; Straub, Ben (2014): Pro Git, Apress, New York], das online frei verfügbar ist – sowohl als Webseite im HTML-Format als auch als PDF oder Ebook.
- Biskup, Till (2022): LabInform: A modular laboratory information system built from open source components, ChemRxiv 2022:1-8
- Chacon, Scott; Straub, Ben (2014): Pro Git, Apress, New York