M1: Funktionierendes CLI

Zielstellung: Funktionierendes CLI, das sowohl zum Fit als auch zum Simulieren taugt und Datensätze im trEPR-Toolbox-Datensatzformat verarbeitet (liest und schreibt). Alle notwendigen Parameter im Datensatz für die Report-Erstellung.
Revision: 0.1.0
Fertigstellung: Anfang Oktober 2013 (geplant)

Diskussionspunkte

sim und fit jeweils in eine Unterfunktion auslagern? ✔
- Sorgt für übersichtlicheren Code
- Geht mit der Umwandlung in eine Funktion einher
- Vereinfacht ggf. die Übergabe von Datensätzen, je nachdem, woher man kommt und was man will.
- Details
Soll mit dem offiziellen Vollenden von Meilenstein 1 zumindest ein Teil der Modul-Dokumentation auf der Homepage der trEPR-Toolbox eingebaut werden? ✔
- Es ist ohne Weiteres möglich, den Teil unter „Entwicklung“ und zumindest die Planung geschützt zu lassen, so daß da nur Leute mit Anmeldung reinschauen können (was auf der offiziellen Homepage gleichbedeutend wäre mit unsichtbar).

Codeblöcke aus dem alten Skript überarbeiten ✔
Simulation überarbeiten
- Simulationsparameter ändern ✔
- Startwerte ändern ✔
- Fitergebnisse als Startwerte für die Simulation ✔
- Simulationsergebnisse als Startwerte für einen Fit
  - Grundsätzlich ja, bedarf aber einer größeren Überarbeitung, insbesondere hinsichtlich einer sauberen Handhabung der Grenzen, da die Simulationsparameter als Startwerte für einen Fit verwendet werden.
  - Details
fitreport-Funktion überarbeiten, ggf. durch trEPRTSim_parDisplay ersetzen
- im Kontext mit der Report-Funktionalität (M2)

CLI mit vollständigen Optionen als Gerüst ✔
Simulation überarbeiten ✔
- Optionen hinzufügen und ähnlich wie im Fit implementieren ✔
Dokumentation des Ablaufschemas des CLI im Wiki ✔
- Für das Wiki bzw. für die Homepage kann das Bild auch als Bitmap-Grafik exportiert werden, wenn dann die Pfeile erhalten bleiben. ✔
purpose und comment im CLI integrieren ✔

Historie schreiben ✔
purpose und comment in die Historie schreiben ✔
Codeblöcke aus dem alten Skript überarbeiten ✔
trEPR-Toolbox beibringen, mit simulierten Daten umzugehen (calculated-Feld aus dem Datensatz)

fit ✔
- Ausgabe der Fitparameter (x0,lb,ub) zu Beginn der value loop ✔
- Eingabe von x0,lb,ub ändern (so wie bei sim, mit einzelner Eingabe jedes Parameters und Default-Wert) ✔
- überprüfen, ob die x0-Werte auch verarbeitet werden ✔
- OPTIONAL: Funktion, die die Nutzereingaben (für x0,lb,ub) grob auf Sinnhaftigkeit überprüfen kann ✔
  - cliInput mit einfacher Möglichkeit, eine Überprüfung angeben zu können
sim ✔
- Parameter (hier explizit D,E) überprüfen - war ein Darstellungsproblem, nie ein Problem der Simulation ✔
- Simulationsergebnisse als Startwerte für einen Fit ✔