de:software:info:uvvis
Inhaltsverzeichnis
UV/Vis
Letzte Änderungen
- v. 0.1.0 (2017-05-26)
- Format erstellt
- v. 0.1.1 (2018-05-13)
- Block GENERAL
- Feld „Label“ weggefallen
- neues Feld „Labbook“
- Block SAMPLE
- Feld „Description“ weggefallen
- neues Feld „Concentration“
- Block SPECTROMETER
- neues Feld „Manufacturer“
- Block CELL
- neues Feld „Manufacturer“
- v. 0.1.2 (2018-05-13)
- Format konvertiert in YAML
- neuer „Block“: „data format“
- Feldnamen dürfen Leerzeichen beinhalten
- Datum und Uhrzeit umbenannt und umformatiert
Ideen für Ergänzungen und Änderungen
- Baseline
- keine/leere Küvette/Küvette mit Lösungsmittel
- Lösungsmittelspektrum separat gespeichert?
- Spektrometereinstellungen
- Spaltbreite
- Scangeschwindigkeit
- Wellenlänge für Lampenwechsel
- weitere Parameter?
Kriterien für das Dateiformat
- maschinenlesbar und vom Menschen lesbar („human readable“)
- Reintext (ASCII)
- eindeutige Identifizierbarkeit des Dateiformats
- durch eine Kennung in der ersten oder zweiten Zeile
- möglichst keine Doppelungen von Information
- hat sich als problematisch in der Nutzung herausgestellt
Allgemeine Formatbeschreibung
Die allgemeine Formatbeschreibung befindet sich auf einer eigenen Seite.
Beschreibung der einzelnen Blöcke
Nachfolgend werden die einzelnen Blöcke einer Infodatei beschrieben. Ein Beispiel der Umsetzung folgt weiter unten.
Neben der Kennung gibt es aktuell folgende Blöcke:
- GENERAL
- SAMPLE
- EXPERIMENT
- SPECTROMETER
- CELL
- TEMPERATURE
- COMMENT
Zusätzlich gibt es noch folgende optionale Blöcke:
- KINETICS
- ILLUMINATION
GENERAL
Grundinformationen zur Messung
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Date start | Datum, an dem mit der Messung begonnen wurde |
| Time start | Uhrzeit, zu der mit der Messung begonnen wurde |
| Date end | Datum, an dem die Messung beendet wurde |
| Time end | Uhrzeit, zu der die Messung beendet wurde |
| Operator | Name der/des Messenden |
| | Für die Auflistung (u.a.) in Matlab |
| Purpose | Sinn und Zweck des Experiments |
| Labbook | Verweis auf den zugehörigen Laborbucheintrag (im Beispiel ein LOI) |
SAMPLE
Informationen zur Probe
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Name | möglichst eindeutiger und kurzer Name der Probe |
| ID | Eindeutige Nummer (entweder des Batches oder der Probe, mit Präfix „sa“/„ba“ |
| | |
| Solvent | Details zum verwendeten Lösungsmittel/Puffer |
| Concentration | Konzentration: Wert mit Einheit, ansonsten N/A, wenn unbekannt |
| Preparation | Details zur Präparation |
EXPERIMENT
Informationen zur Art des durchgeführten Experiments
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Type | Spectrum/Kinetics/… |
| Measurement mode | Absorption/Transmission |
SPECTROMETER
Allgemeine Angaben zum verwendeten Messaufbau
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Manufacturer | Hersteller |
| Model | Gerätebezeichnung |
| Software | Name und Version der Software |
CELL
Angaben zu den verwendeten Küvetten
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Manufacturer | Hersteller |
| Type | Bezeichnung der Küvette (möglichst genauer Typ) |
| Path length | Weglänge des optischen Strahls durch die Küvette mit Einheit |
TEMPERATURE
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Temperature | Temperatur mit Einheit |
| Controller | verwendete Temperatursteuereinheit |
| Cryostat | verwendeter Kryostat |
| Cryogen | verwendetes Kühlmittel (H2O, LN2, LHe) |
KINETICS (optional)
Informationen, falls mehrere Messungen mit der Repeat-Funktion des Spektrometers zeitlich aufeinanderfolgend aufgenommen wurden
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Repetition time | Zeit zwischen dem Beginn zwei aufeinanderfolgender Messungen |
| Time per spectrum | Zeit für die Messung eines Spektrums |
ILLUMINATION (optional)
Informationen zum Belichten einer Probe
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Light source | Name der verwendeten Lichtquelle, inklusiv Hersteller |
| Power | Lichtleistung, falls gemessen und sinnvoll einstellbar |
| Illumination time | Bestrahlungsdauer falls mehrer Messungen durchgeführt wurden, wäre das die Zeit zwischen zwei Messungen, sprich Repetition time minus Spectrum time |
COMMENT
Solange der Kommentar am Ende der jeweiligen Datei steht, kann hier als Freitext alles angegeben werden, was nützlich und/oder sinnvoll erscheint.
Beispiel
Nachfolgend das Beispiel einer Infodatei für UV/Vis-Messungen mit der vollständigen Anzahl von (möglichen) Feldern und Blöcken. Je nach Einsatzgebiet können manche Felder und/oder Blöcke wegfallen.
Weiter unten folgen dann noch spezifische Beispiele für einzelne Einsatzgebiete.
v. 0.1.0
- uvvis.info
UVVIS Info file - v. 0.1.0 (2017-05-26) GENERAL Date start: 2014-04-04 Date end: 2014-04-04 Time start: 11:05:00 Time end: 11:10:00 Operator: Max Mustermann Label: My first measurement Purpose: Kill time SAMPLE Name: xxxCry WT, Peak 2 ID: sa42 Description: Peak 2 aus der xxxCry WT Expression Solvent: 50 mM Phosphat, 20% Glycerin Preparation: Frisch exprimierte Probe aus Uebernachtanzucht wurde entsalzt, aufkonzentriert und mit 5mM K3FeCN6 versetzt. EXPERIMENT Type: Spectrum Measurement mode: Absorption SPECTROMETER Model: Shimadzu UV-2450 Software: UV Probe, Version 2.43 CELL Type: Hellma QS 10.00 Path length: 1 cm TEMPERATURE Temperature: 298 K Controller: N/A Cryostat: N/A Cryogen: N/A COMMENT Und hier gibt's ein bisschen Freitextkommentar - aber bitte OHNE Umlaute und andere Sonderzeichen!
v. 0.1.1
- uvvis.info
UVVIS Info file - v. 0.1.1 (2018-05-13) GENERAL Date start: 2018-05-13 Date end: 2018-05-13 Time start: 11:05:00 Time end: 11:06:00 Operator: Max Mustermann Purpose: temperature dependence Labbook: loi:10.1001/lb/tb/uvvis/yyyy-mm-dd_id SAMPLE Name: PNDIT2 ID: ba42 Solvent: Toluol Concentration: 0.4 mg/ml Preparation: 1:25 verduennt EXPERIMENT Type: Spectrum Measurement mode: Absorption SPECTROMETER Manufacturer: Shimadzu Model: UV-1601PC Software: UV Probe, Version 2.43 CELL Manufacturer: Hellma Type: QS 1.00 Path length: 1 mm TEMPERATURE Temperature: 290 K Controller: Oxford MercuryITC Cryostat: Oxford Optistat DN2 Cryogen: LN2 COMMENT Und hier gibt's ein bisschen Freitextkommentar - aber bitte OHNE Umlaute und andere Sonderzeichen!
v. 0.1.2
Und hier der Versuch, das Ganze in YAML umzusetzen (mit Python und PyYAML getestet):
- uvvis.yaml
--- format: type: UV/vis metadata version: 0.1.2 general: start: 2018-05-13T11:05:00 end: 2018-05-13T11:06:00 operator: Max Mustermann purpose: Temperaturabhängigkeit labbook: loi:10.1001/lb/tb/uvvis/yyyy-mm-dd_id sample: name: PNDIT2 id: ba42 solvent: Toluol concentration: 0.4 mg/ml preparation: 1:25 verdünnt cell: manufacturer: Hellma type: QS 1.00 pathlength: 1 mm temperature: temperature: 290 K controller: Oxford MercuryITC cryostat: Oxford Optistat DN2 cryogen: LN2 experiment: type: Spectrum measurement mode: Absorption spectrometer: manufacturer: Shimadzu model: UV-1601PC software: UV Probe, Version 2.43 data format: raw: Shimadzu SPC export: ASCII comment: | Und hier gibt's ein bisschen Freitextkommentar - und weil YAML UTF8 kann, auch mit Sonderzeichen etc. auch Leerzeilen sind erlaubt. Einzige Bedingung: Einrückung jeder Zeile
de/software/info/uvvis.txt · Zuletzt geändert: 2020/09/30 21:35 von 127.0.0.1