struct) verwendet werden.Table of Contents
Infodatei für Freiburger Daten
Die Idee beruht auf einer Diskussion mit den Freiburgern und orientiert sich an ihren Bedürfnissen.
Grundidee: Infodatei (vergleichbar der bisherigen „Liesmich“-Dateien), in der zu einer Messung gehörende zusätzliche (und wichtige) Informationen gespeichert werden.
Ziel: Einlesbarkeit der Datei in die trEPR-Toolbox. Die Informationen werden den zugehörigen Datensatz übernommen.
<note important>Aktuell befindet sich diese Spezifikation eines Datenformates noch in ihren Anfängen und in der Diskussion. Deshalb können sich alle Angaben jederzeit ohne Vorwarnung grundlegend ändern.</note>
Kriterien für das Dateiformat
- maschinenlesbar und vom Menschen lesbar („human readable“)
- Reintext (ASCII)
- eindeutige Identifizierbarkeit des Dateiformats
- durch eine Kennung in der ersten oder zweiten Zeile
Allgemeine Formatbeschreibung
Für Ungeduldige gibt's Beispiele der Umsetzung weiter unten.
Hier folgt zunächst einmal die allgemeine Formatbeschreibung.
- Format
- Das grundsätzliche Dateiformat ist ASCII (7-bit)
- Durch die Beschränkung auf die 7-bit-ASCII-Zeichentabelle wird die Kompatibilität über Betriebssystemgrenzen hinaus gewährleistet.
- Dateiname und Endung
- Die Dateiendung ist „.info“.
- Der Dateiname ist identisch mit dem Grundnamen der zugehörigen Datendateien.
- Die erste Zeile der Datei ist für eine Kennung reserviert.
- ermöglicht die eindeutige Erkennung des Dateiformates beim Parsen
- wird durch eine Leerzeile vom Rest der Datei abgetrennt
- Feldbezeichner
- Feldbezeichner dürfen Leerzeichen enthalten, aber keine Sonderzeichen und keinen Doppelpunkt1).
- Feldbezeichner müssen mit einem Buchstaben beginnen (keine Zahl!)
- Jeder Feldbezeichner wird durch einen Doppelpunkt beendet
- Werte
- Werte stehen immer hinter einem Feldbezeichner
- Innerhalb eines Blockes werden die Werte alle soweit eingerückt, daß sie bündig miteinander abschließen. D.h. der längste Feldbezeichner definiert die Einrückung der Werte.
- Werte dürfen Sonderzeichen2) und Doppelpunkte enthalten
- Verwendung von Doppelpunkten
- Doppelpunkte dienen lediglich der Trennung von Feldbezeichnern und Werten
- An allen anderen Stellen (nach einem zusätzlichen Bezeichner, nach einer Blocküberschrift) sind Doppelpunkte verboten. Einzige Ausnahme (s.o.) sind Feldwerte.
- Doppelpunkte werden intern beim Parsen dazu verwendet, die entsprechenden Feldbezeichner und Werte voneinander zu trennen (in Matlab:
regexpmit Optionsplit).
Noch zu verhandelnde Aspekte (direkt übernommen von der Spezifikation der fsc2-Metadatei:
- Die Infodatei ist in Blöcke unterteilt
- Blöcke werden durch den Blocknamen in Großbuchstaben eingeleitet
- Alle Bezeichner und alle Beschriftungen innerhalb der Datei sind aus Gründen der Internationalität in englischer Sprache zu halten.
- Alle Blöcke und Felder sind nicht optional, sondern obligatorisch.
- Gibt es zu einem Feld keine Werte, wird „N/A“ als Wert gesetzt.
- zu den Blöcken:
- Jeder Block beginnt mit einer Überschrift (Blockbezeichner) in Großbuchstaben.
- Jeder Block wird durch eine Leerzeile vom vorangegangenen Inhalt der Datei abgetrennt.
- Innerhalb der Blöcke finden sich Schlüssel-Wert-Paare aus einem Feldbezeichner, gefolgt von einem entsprechenden Wert
- zusätzliche Bezeichner
- Innerhalb des Blockes „CALIBRATION DATA“ gibt es noch Bezeichner für jeden einzelnen Scan.
- Diese Bezeichner werden nicht durch Doppelpunkt beendet, da es sich um keine Feldbezeichner handelt, denen ein Wert folgt.
Beispiele
Es folgen drei Beispiele, die ersten beiden zwei unterschiedliche Versionen einer Infodatei für TREPR-Experimente, darunter eine Infodatei für OOP-ESEEM-Experimente.
- "liesmich_trepr_thomas"
Y50_W400_100816/liesmich.txt XLCD Y50F W400F, 2.5mM K3[Fe(CN)6],45% Glycerine Messung: XLCD Y50F W400F, 273K, 20dB/2mW, 460nm, 2Hz, 50Akk, 25MHz Datum: 16. JAugust 2010 Y50_W400_100816 xl50_400_2Hz.001-201 (m2.001 - 201) Messanfang: 3400Gauss (Hallsonde) Messende: 3500Gauss (Hallsonde) Resonator: dielektrisch (X-Band) Mikrowellenfrequenz: 9.6684 GHz Mikrowellenleistung: 20dB - 2mW Temperatur: 273K Zeitbereich: --2.001e-06 7.997e-06s Stuetzstellen: 5000 Aufloesung: 2ns Videoamplifier: Verstaerkung: 30dB Breitband: Bandbreite: 25MHz Hintergrundkorrektur: 4 (2600Gauss) Akkumulationen: 50 Schrittweite: 0.5Gauss Messbeginn: 11:52 Messende: 14 :03 Experiment: out Abgleich: absorptiv Laserwellenlaenge: 460nm Opo (11400) Laserleistung: 0.9mJ - nach Blende Laserfrequenz: 2 Hz (Shutter 320-70-30-70 = 490ms) Kühlung Stickstoff (0.5l /13%) Hintergrundsignal 2 x 4.4mW Sonstiges: Abweichung Gaussmeter: +1.1 - 1.2 Gauss Nach Eichung der letzten Messung müsste das Magnetfeld (Hallsondenwert) um 0.6 -0.7 Gauss erhöht werden zerocorr -ml -dx%20 -OT32 m2.* -o xl50_400_2Hz.001 minteg -P1B0 -OT32 -xl4.9e-7 -xh5.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o iy50f_2 Zweite Messung Probe etwas verschoben - mit obigen Einstellungen: Y50_W400_100816 xl50_400_2Hzb.001-20 Messbeginn: 14:10 Messende: 16 :19 Sonstiges: Abweichung Gaussmeter: +1.3 !!Probe war im bestrahlten Bereich grünlich!! zerocorr -ml -dx%20 -OT32 m3.* -o xl50_400_2Hzb.001 minteg -P1B0 -OT32 -xl4.9e-7 -xh5.1e-7 xl50_400_2Hzb.* -o iy50f_2b minteg -P1B0 -OT32 -xl2e-7 -xh3e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F2030_2 minteg -P1B0 -OT32 -xl3e-7 -xh4e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F3040_2 minteg -P1B0 -OT32 -xl4e-7 -xh5e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F4050_2 minteg -P1B0 -OT32 -xl5e-7 -xh6e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F5060_2 minteg -P1B0 -OT32 -xl6e-7 -xh7e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F6070_2 minteg -P1B0 -OT32 -xl7e-7 -xh8e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F7080_2 plot 'i50_400F2030_2','i50_400F3040_2','50_400F4050_2','i50_400F5060_2','i50_400F6070_2','i50_400F7080_2' minteg -P1B0 -OT32 -xl2e-7 -xh3e-7 xl50_400_2Hzb.* -o i50_400F2030_2b minteg -P1B0 -OT32 -xl3e-7 -xh4e-7 xl50_400_2Hzb.* -o i50_400F3040_2b minteg -P1B0 -OT32 -xl4e-7 -xh5e-7 xl50_400_2Hzb.* -o i50_400F4050_2b minteg -P1B0 -OT32 -xl5e-7 -xh6e-7 xl50_400_2Hzb.* -o i50_400F5060_2b minteg -P1B0 -OT32 -xl6e-7 -xh7e-7 xl50_400_2Hzb.* -o i50_400F6070_2b minteg -P1B0 -OT32 -xl7e-7 -xh8e-7 xl50_400_2Hzb.* -o i50_400F7080_2b plot 'i50_400F2030_2b','i50_400F3040_2b','50_400F4050_2b','i50_400F5060_2b','i50_400F6070_2b','i50_400F7080_2b' minteg -P1B0 -OT32 -xl-0.9e-7 -xh0.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F0a minteg -P1B0 -OT32 -xl4.9e-7 -xh5.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F5a minteg -P1B0 -OT32 -xl9.9e-7 -xh10.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F10a minteg -P1B0 -OT32 -xl14.9e-7 -xh15.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F15a minteg -P1B0 -OT32 -xl19.9e-7 -xh20.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F20a minteg -P1B0 -OT32 -xl24.9e-7 -xh25.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F25a minteg -P1B0 -OT32 -xl29.9e-7 -xh30.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F30a minteg -P1B0 -OT32 -xl34.9e-7 -xh35.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F35a minteg -P1B0 -OT32 -xl39.9e-7 -xh40.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F40a minteg -P1B0 -OT32 -xl44.9e-7 -xh45.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F45a minteg -P1B0 -OT32 -xl49.9e-7 -xh50.1e-7 xl50_400_2Hz.* -o i50_400F50a plot 'i50_400F0a','i50_400F5a','i50_400F10a','i50_400F15a','i50_400F20a','i50_400F25a','i50_400F30a','i50_400F35a','i50_400F40a','i50_400F45a','i50_400F50a'
- "liesmich_trepr_bernd"
Messparameter fuer messung04 Probe: DmCry WT Probenvorbereitung: Frisch exprimierte Probe wurde nach Aufreinigung mit 5mM K3[Fe(CN)6] ver- setzt und direkt ins EPR-Röhrchen überführt. Datum: 20.09.2011 Magnetfeldanfang: 341.0 mT (Hallsonde) Magnetfeldende: 349.0 mT (Hallsonde) Magnetfeldschrittweite: 0.02 mT Messreihenfolge: von innen nach aussen Akkumulationen: 25 Resonator: dielektrisch Probenroehrchen: 1x2x90 (Q-Band, dickwandig) Mikrowellenfrequenz: 9,66375 Mikrowellenleistung: 20 dB - 2.02 mW Temperatur: 270 K Zeitbereich: -1,001e-06 8,997e-06 Zeitpunkte: 5000 Zeitaufloesung: 2 ns Videoamplifier: Verstaerkung: 38 dB Bandbreite: 25 MHz Messbeginn: 12:05 Uhr Messende: 16:15 Uhr Hintergrundkorrektur: 10 (300,0 mT) Hintergrundsignal: absorptiv Laserwellenlaenge: 460 nm OP (11450), Glasfaser im Probenstab Laserleistung: 1 mJ Laserfrequenz: 1 Hz Magnetfeldeichung (Li:LiF-Standard) Center Field (HS): 344,927 mT Center Field (GM): 345,050 mT Mikrowellenfrequenz: 9,666474 GHz Abweichung Probe - GM: -0,122 mT Abweichung GM - HS: 0,123 mT Abweichung Probe - HS: 0,001 mT Sonstiges: Abweichung Gaussmeter - Hallsonde waehrend Messung ca. 1.0 G
- "liesmich_oopeseem_bernd"
Messparameter fuer 110408_xl64_wt_02_oop-eseem_20K_3dB_1Hz_57sc Probe: Xl6-4 Phtoloyase WT Probenvorbereitung: Die Probe aus Asakos Bestand wurde nach Messung ueber Nacht wieder auf 20 K abgekuehlt und direkt weiter vermessen Datum: 08.04.2011 Magnetfeldposition: 3446 G (Hallsonde) Akkumulationen: 57 Resonator: dielektrisch Probenroehrchen: 3,8x2,7x180 (X-Band, dickwandig) Mikrowellenverstaerker: TWT Mikrowellenfrequenz: 9,6803 GHz Mikrowellenleistung: 3 dB Temperatur: 20 K tau-Bereich: 200 - 1220 ns tau-Punkte: 256 tau-Aufloesung: 4 ns Videoamplifier: Verstaerkung: 50 dB Bandbreite: 50 MHz Messbeginn: 12:20 Uhr Messende: 17:15 Uhr Laserwellenlaenge: 460 nm OPO (11450), Blendendeckel auf Resonatorfenster Laserleistung: 4 mJ Laserfrequenz: 1 Hz Sonstiges: Vor Messbeginn wurde ein 2-Puls-Experiment mit 3 Akkumulationen durchgefuehrt. Dieses zeigte staerkeres Radikalsignal als die Messungen vom Vortag. Die Phase war sehr gut eingestellt. Direkt nach Ende der Messung wurde ein 2-Puls-Experiment mit 3 Akkumula- tionen durchgefuehrt. Dieses zeigte, dass die Phase immernoch sehr gut eingestellt war.
