Inhaltsverzeichnis
Infodatei
Grundidee: Infodatei (vergleichbar der bisherigen „Liesmich“-Dateien), in der zu einer Messung gehörende zusätzliche (und wichtige) Informationen gespeichert werden.
Ziel: Einlesbarkeit der Datei in die trEPR-Toolbox. Die Informationen werden den zugehörigen Datensatz übernommen.
Fernziel: Import in ein (datenbankgestütztes) Laborinformationssystem.
<note important>Aktuell (2016-01-18) befindet sich diese Spezifikation eines Datenformates nach wie vor in der Entwicklung. Deshalb können sich einzelne Angaben jederzeit ohne Vorwarnung ändern.</note>
<note tip>Die in diese Datei zu integrierenden Parameter orientieren sich nicht zuletzt an der Spezifikation des trEPR-Toolboxformates.</note>
Letzte Änderungen
- v. 0.1.6 (2016-01-18)
- Neues Feld „ID“ im Block „SAMPLE“
Aktuell (2016-01-18) noch nicht von der trEPR-Toolbox unterstützt (wird noch nicht ausgewertet, produziert aber auch keine Fehler).
- v. 0.1.5 (2015-03-24)
- Neue Blöcke: „EXPERIMENT“, „SPECTROMETER“
- Block „FREQUENCY CALIBRATION“ entfernt
- Block „GENERAL“ umgearbeitet
- Neue Felder in diversen Blöcken
- v. 0.1.4 (2012-10-23)
- Neue Felder „Experiment“ und „Purpose“ im Block „GENERAL“
- Neues Feld „Buffer“ im Block „SAMPLE“
Kriterien für das Dateiformat
- maschinenlesbar und vom Menschen lesbar („human readable“)
- Reintext (ASCII)
- eindeutige Identifizierbarkeit des Dateiformats
- durch eine Kennung in der ersten oder zweiten Zeile
Allgemeine Formatbeschreibung
Für Ungeduldige gibt's ein Beispiel der Umsetzung weiter unten.
Die allgemeine Formatbeschreibung findet sich auf einer eigenen Seite.
Beschreibung der einzelnen Blöcke
Nachfolgend werden die einzelnen Blöcke einer Meta-Datei beschrieben. Ein Beispiel der Umsetzung folgt weiter unten.
Neben der Kennung gibt es aktuell folgende Blöcke:
- GENERAL
- SAMPLE
- TRANSIENT
- MAGNETIC FIELD
- BACKGROUND
- BRIDGE
- VIDEO AMPLIFIER
- RECORDER
- PROBEHEAD
- PUMP
- TEMPERATURE
- FIELD CALIBRATION
- FREQUENCY CALIBRATION
- COMMENT
GENERAL
Der Block „GENERAL“ besteht aus einigen Grundinformationen zur Messung.
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Filename | Dateiname |
| Date | Datum |
| Time start | Uhrzeit, zu der mit der Messung begonnen wurde |
| Time end | Uhrzeit, zu der die Messung beendet wurde |
| Operator | Name der/des Messenden |
| Label | Kurze, möglichst eindeutige Bezeichnung der Messung Für die Auflistung (u.a.) in Matlab |
| Purpose | Sinn und Zweck des Experiments |
| Spectrometer | Kurze, möglichst eindeutige Bezeichnung des verwendeten Spektrometers |
| Software | Name der für die Messung verwendeten Software inkl. Versionsnummer |
| Runs | Anzahl der Durchläufe |
| Shot repetition rate | Schußwiederholrate des Experimentes |
Anmerkungen
- Filename
- Im Falle von einer Datei pro Zeitkurve (Ox) der Dateigrundname; der eigentliche Name für die jeweilige Datei steht dann gesondert in einem eigenen Block.
- Spectrometer
- Im Falle von Fr wäre das sowas wie „LP920-K“, in Oxford vermutlich eher „Eigenbau“ (bzw. eine vernünftige englische Entsprechung dafür)
- Dieser Wert ist einer der „Schalter“, die für eine entsprechende Verarbeitung der weiteren Infodatei sorgen und die darüber entscheiden, welche (zusätzlichen) Blöcke in der Datei stehen (können).
SAMPLE
Im Block „SAMPLE“ werden die wichtigsten Informationen zur Probe zusammengefaßt.
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Name | möglichst eindeutiger und kurzer Name der Probe |
| ID | (Intern) eindeutige) Bezeichnung der Probe |
| Description | Details zur Probe |
| Buffer | Details zum verwendeten Puffer |
| Preparation | Details zur Präparation |
| Tube | verwendetes Röhrchen Hier werden sinnvollerweise Außen- und Innendurchmesser und Material angegeben |
TRANSIENT
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Points | Zahl der Punkte einer Zeitkurve |
| Trigger position | Position des Triggerimpulses (Index) |
| Length | Länge der Zeitkurve |
MAGNETIC FIELD
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Start | Feld, bei dem die Messung begonnen wurde |
| Stop | Feld, bei dem die Messung beendet wurde |
| Step | Schrittweite des Magnetfelds |
| Sequence | up/down/stochastic/outward/inward |
| Controller | Typenbezeichnung der Magnetansteuerung |
| Power supply | Typenbezeichnung des Magnetnetzteils |
BACKGROUND
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Field | Feldposition, bei der der Hintergrund aufgenommen wurde |
| Occurrence | Häufigkeit, mit der das Hintergrundsignal aufgenommen wird |
| Polarisation | Polarisation des Hintergrundsignals (absorptiv oder emissiv) |
BRIDGE
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Model | Typenbezeichnung der verwendeten Mikrowellenbrücke |
| Attenuation | Dämpfung (in dB) |
| Power | Leistung der Mikrowelle |
| Detection | Art der Mikrowellendetektion (Diode oder Mixer) |
| Frequency counter | Typenbezeichnung des Mikrowellenzählers |
| MW frequency | Mikrowellenfrequenz |
VIDEO AMPLIFIER
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Bandwidth | Bandbreite des Videoverstärkers |
| Amplification | Verstärkung des Videoverstärkers |
RECORDER
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Model | Typenbezeichnung des Transientenrekorders |
| Averages | Zahl der Akkumulationen |
| Time base | Zeitbasis/Zeitauflösung (meist in ns) |
| Bandwidth | Bandbreite (meist in MHz) |
| Pretrigger | Länge der Zeitkurve vor dem Zeitgeber (Trigger) |
| Coupling | Ankopplung (AC/DC) |
| Impedance | Impedanz (meist in MOhm) |
| Sensitivity | Empfindlichkeit (meist in mV) |
PROBEHEAD
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Type | Art des Resonators |
| Model | Typenbezeichnung |
| Coupling | Kopplung (critical/overcoupled) |
PUMP
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Type | Typ der zur Anregung verwendeten Lichtquelle (Laser, …) |
| Model | Modellbezeichnung der Anregungslichtquelle |
| Wavelength | Wellenlänge der Anregungslichtquelle |
| Power | Lichtleistung des Anregungsstrahls |
| Repetition rate | Wiederholrate des Anregungsstrahls |
| Tunable type | Typ der verwendeten durchstimmbaren Lichtquelle (OPO oder Farbstofflaser) |
| Tunable model | Modellbezeichnung der verwendeten durchstimmbaren Lichtquelle |
| Tunable dye | Im Falle eines Farbstofflasers: Bezeichnung des verwendeten Farbstoffs |
TEMPERATURE
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Temperature | Temperatur mit Einheit |
| Controller | verwendete Temperatursteuereinheit |
| Cryostat | verwendeter Kryostat |
| Cryogen | verwendetes Kühlmittel (H2O, LN2, LHe) |
FIELD CALIBRATION
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Gaussmeter | Typenbezeichnung des verwendeten NMR-Gaussmeters |
| Method | Methode (Standard/StartEnd) |
| Standard | verwendeter Standard (z.B. LiLiF) |
| Signal field | Feld des Signals des Standards |
| MW Frequency | Mikrowellenfrequenz bei der Messung des Standards |
| Deviation | Abweichung vom angezeigten Feld |
| Calibration start | Startwert des Feldes für die Kalibrationsmessung |
| Calibration end | Endwert des Feldes für die Kalibrationsmessung |
Anmerkungen
- Das Feld „Method“ ist wichtig als „Schalter“ beim Parsen
- Die Felder „Signal field“, „MW Frequency“ und „Deviation“ sind für Freiburg
- Die Felder „Calibration start/end“ sind für Berlin
FREQUENCY CALIBRATION
Die Felder im Einzelnen:
| Feldname | Beschreibung |
|---|---|
| Start | Startwert der MW-Frequenz |
| End | Endwert der MW-Frequenz |
COMMENT
Solange der Kommentar am Ende der jeweiligen Datei steht, kann hier als Freitext alles angegeben werden, was nützlich und/oder sinnvoll erscheint.
Beispiel
Nachfolgend das Beispiel einer Infodatei für trEPR-Messungen mit der vollständigen Anzahl von (möglichen) Feldern und Blöcken. Je nach Einsatzgebiet können manche Felder und/oder Blöcke wegfallen.
Weiter unten folgen dann noch spezifische Beispiele für einzelne Einsatzgebiete.
- trepr.info
trEPR Info file - v. 0.1.4 (2012-10-23) GENERAL Filename: xband/111013/messung02/messdaten02 Date: 2011-10-13 Time start: 11:05:00 Time end: 15:50:00 Operator: Max Mustermann Label: xxxCry WT X-Band Peak 2 Purpose: Zeit totschlagen Spectrometer: ESP380E Software: Transient, Vers. 0.6 Runs: 1 Shot Repetition Rate: 1 Hz SAMPLE Name: xxxCry WT, Peak 2 Description: Peak 2 aus der xxxCry WT Expression Buffer: 50 mM Phosphat, 20% Glycerin Preparation: Frisch exprimierte Probe aus Uebernachtanzucht wurde entsalzt, aufkonzentriert und mit 5mM K3FeCN6 versetzt. Tube: 2 x 1 x 120 mm TRANSIENT Points: 5000 Length: 10 us Trigger Position: 500 % Wichtig zur Kompatibilitaet mit Berlin MAGNETIC FIELD Start: 339.00 mT Stop: 351.00 mT Step: 0.02 mT Sequence: up | down | stochastic | outward | inward Controller: Bruker BH-15 Power supply: xxx BACKGROUND Field: 300.0 mT Occurrence: 10 Polarisation: absorptive BRIDGE Model: Bruker xxx Attenuation: 20 dB Power: 2.01 mW Detection: diode | mixer Frequency counter: HP xxxx MW frequency: 9.6657 GHz VIDEO AMPLIFIER Bandwidth: 25 MHz Amplification: 42 dB RECORDER Model: LeCroy Waverunner xxx Averages: 15 Time base: 2 ns Bandwidth: xx MHz Pretrigger: 1.001 us Coupling: AC | DC Impedance: xx MOhm Sensitivity: xx mV PROBEHEAD Type: dielectric | split ring 3 mm | cylindrical | ... Model: Bruker ER 4118X-MD5 Coupling: critical | overcoupled PUMP Type: Laser mit Glasfaser Model: GCR 190-15 Wavelength: 460 nm Power: 1 mJ Repetition rate: 15 Hz Tunable type: OPO | dye laser Tunable model: OPTA BBO VIS/IR Tunable dye: Tunable position: 11450 TEMPERATURE Temperature: 270 K Controller: Oxford ITC 503 Cryostat: Oxford irgendwas Cryogen: N2 | He FIELD CALIBRATION Gaussmeter: Method: Standard | StartEnd % Wichtig als "Schalter" beim Parsen Standard: LiLiF Signal field: 3448.99 G % Felder fuer Freiburg MW Frequency: 9.666147 GHz Deviation: 0.18 G Calibration start: x.xx G % Felder fuer Berlin (optional) Calibration end: x.xx G FREQUENCY CALIBRATION % Nur fuer Berlin Start: x.xxxx GHz End: x.xxxx GHz COMMENT Und hier gibt's ein bisschen Freitextkommentar - aber bitte OHNE Umlaute und andere Sonderzeichen! z.B. Abweichung GM-HS waehrend Messung ca. 1,1 G. Nach 480 Transienten waren Kopplung und Frequenz abgedriftet. Sie wurden nachjustiert bei 3499,2 G.
v.0.1.5
- trepr.info
trEPR Info file - v. 0.1.5 (2015-03-24) GENERAL Filename: Date start: 2014-12-01 Date end: 2014-12-01 Time start: 10:00:00 Time end: 10:15:00 Operator: Max Mustermann Label: Purpose: Erste tr-EPR-Messungen an abc aus x.y SAMPLE Name: abc aus x.y Description: Solvent: Preparation: Tube: 3.8 x 3 x 180 mm EXPERIMENT Runs: 1 Shot Repetition Rate: 1 Hz SPECTROMETER Model: ESP380E Software: Transient, Vers. 0.6 MAGNETIC FIELD Field probe type: Hall Field probe model: xxx Start: 290 mT Stop: 390 mT Step: 1024/1000 mT Sequence: up | down | stochastic | outward | inward Controller: Bruker 032 T Power supply: Bruker 083 C BACKGROUND Field: 300.0 mT Occurrence: 10 Polarisation: absorptive Intensity: 8.8 mV BRIDGE Model: Bruker xxx Controller: Bruker MBC Attenuation: 20 dB Power: 2.01 mW Detection: diode | mixer Frequency counter: HP 5352B MW frequency: 9.6657 GHz VIDEO AMPLIFIER Bandwidth: 25 MHz Amplification: 42 dB RECORDER Model: LeCroy Waverunner xxx Averages: 15 Time base: 2 ns Bandwidth: xx MHz Pretrigger: 1.001 us Coupling: AC | DC Impedance: xx MOhm Sensitivity: xx mV TRANSIENT Points: 5000 Length: 10 us Trigger Position: 500 % Wichtig zur Kompatibilitaet mit Berlin PROBEHEAD Type: dielectric | split ring 3 mm | cylindrical | ... Model: Bruker ER 4118X-MD5 Coupling: critical | overcoupled PUMP Type: Laser mit Glasfaser Model: GCR 190-15 Wavelength: 460 nm Power: 1 mJ Repetition rate: 15 Hz Tunable type: OPO | dye laser Tunable model: OPTA BBO VIS/IR Tunable dye: Tunable position: 11450 Filter: ND T=0.25, ND A=0.5 | BP 650 nm TEMPERATURE Temperature: 270 K Controller: Oxford ITC 503 Cryostat: Oxford irgendwas Cryogen: N2 | He FIELD CALIBRATION Filename: optional Field probe type: Hall|Gaussmeter|Teslameter Field probe model: xxx Standard: LiLiF Signal field: xx G MW Frequency: xx GHz COMMENT Und hier gibt's ein bisschen Freitextkommentar - aber bitte OHNE Umlaute und andere Sonderzeichen! z.B. Abweichung GM-HS waehrend Messung ca. 1,1 G. Nach 480 Transienten waren Kopplung und Frequenz abgedriftet. Sie wurden nachjustiert bei 3499,2 G.
v.0.1.6
- trepr.info
trEPR Info file - v. 0.1.6 (2016-01-18) GENERAL Filename: Date start: 2014-12-01 Date end: 2014-12-01 Time start: 10:00:00 Time end: 10:15:00 Operator: Max Mustermann Label: Purpose: Erste tr-EPR-Messungen an abc aus x.y SAMPLE Name: abc aus x.y ID: 42 Description: Solvent: Preparation: Tube: 3.8 x 3 x 180 mm EXPERIMENT Runs: 1 Shot Repetition Rate: 1 Hz SPECTROMETER Model: ESP380E Software: Transient, Vers. 0.6 MAGNETIC FIELD Field probe type: Hall Field probe model: xxx Start: 290 mT Stop: 390 mT Step: 1024/1000 mT Sequence: up | down | stochastic | outward | inward Controller: Bruker 032 T Power supply: Bruker 083 C BACKGROUND Field: 300.0 mT Occurrence: 10 Polarisation: absorptive Intensity: 8.8 mV BRIDGE Model: Bruker xxx Controller: Bruker MBC Attenuation: 20 dB Power: 2.01 mW Detection: diode | mixer Frequency counter: HP 5352B MW frequency: 9.6657 GHz VIDEO AMPLIFIER Bandwidth: 25 MHz Amplification: 42 dB RECORDER Model: LeCroy Waverunner xxx Averages: 15 Time base: 2 ns Bandwidth: xx MHz Pretrigger: 1.001 us Coupling: AC | DC Impedance: xx MOhm Sensitivity: xx mV TRANSIENT Points: 5000 Length: 10 us Trigger Position: 500 % Wichtig zur Kompatibilitaet mit Berlin PROBEHEAD Type: dielectric | split ring 3 mm | cylindrical | ... Model: Bruker ER 4118X-MD5 Coupling: critical | overcoupled PUMP Type: Laser mit Glasfaser Model: GCR 190-15 Wavelength: 460 nm Power: 1 mJ Repetition rate: 15 Hz Tunable type: OPO | dye laser Tunable model: OPTA BBO VIS/IR Tunable dye: Tunable position: 11450 Filter: ND T=0.25, ND A=0.5 | BP 650 nm TEMPERATURE Temperature: 270 K Controller: Oxford ITC 503 Cryostat: Oxford irgendwas Cryogen: N2 | He FIELD CALIBRATION Filename: optional Field probe type: Hall|Gaussmeter|Teslameter Field probe model: xxx Standard: LiLiF Signal field: xx G MW Frequency: xx GHz COMMENT Und hier gibt's ein bisschen Freitextkommentar - aber bitte OHNE Umlaute und andere Sonderzeichen! z.B. Abweichung GM-HS waehrend Messung ca. 1,1 G. Nach 480 Transienten waren Kopplung und Frequenz abgedriftet. Sie wurden nachjustiert bei 3499,2 G.