21: Modulare digitale (dezentrale) Infrastruktur

Themen

Problemstellung, Herausforderungen und Anforderungen

Konzept und Umsetzung: LabInform-Komponenten

Anwendung auf die eigene Praxis

Vorteile gegenüber Alternativen

Folien

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Glossar

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• Forschungsdatenmanagement umfasst viele weitere Aspekte
  neben Metadaten, Protokoll der Verarbeitung und ELN.
• Essentiell sind lokale PIDs, lokale Repositorien, Versionsverwaltung
  und Werkzeuge zum Wissens- und Projektmanagement.
• Verantwortung für Inhalte, Qualitätssicherung und Strukturen
  liegt bei den Forschenden, nicht bei Institutionen.
• Schlüssel zum Erfolg einer digitalen Infrastruktur sind
  Modularität, Dezentralität und bewährte Komponenten.
• Nur dezentrale Lösungen sind erfolgsversprechend.
  Die notwendige Infrastruktur ist von Gruppen handhabbar.

Diese Fragen dienen der persönlichen Beschäftigung mit der Thematik, werden aber nicht separat in der Vorlesung besprochen.

• Warum genügen Metadaten während der Datenaufnahme, ein lückenloses Protokoll zur Datenverarbeitung und ein elektronisches Laborbuch nicht für ein umfassendes Forschungsdatenmanagement? Welche weiteren Aspekte sind essentiell, um die Nachvollziehbarkeit potentiell sicherzustellen?
• Welche grundsätzlichen Eigenschaften sollten die verwendeten Komponenten einer digitalen Infrastruktur zur Unterstützung der Forschung aufweisen und warum?
• Warum ist es von Vorteil, bewährte Komponenten aus anderem Kontext für eine digitale Forschungs-Infrastruktur zu verwenden anstatt selbst Werkzeuge zu entwickeln?
• Wenn eigene digitale Werkzeuge entwickelt werden, worauf sollte dann geachtet werden und was ist üblicherweise ein großes Problem dieser Werkzeuge?
• Wie lässt sich technisch vergleichsweise einfach die Unversehrtheit digitaler Daten überprüfen, und warum sollte das getrennt für Daten und Metadaten erfolgen?
• Welchen Anforderungen sollten lokale dauerhafte und eindeutige Kennungen genügen?
• Was sind Anforderungen an eine Versionsverwaltung? Warum ist eine Versionsverwaltung nicht nur für die Softwareentwicklung relevant?
• Warum empfiehlt es sich, auch bei einer \foreign{per se} dezentralen Versionsverwaltung ein \enquote{zentrales} Repositorium zu pflegen? Welchen Anforderungen sollte dieses Repositorium genügen, was ließe sich einfach darauf aufsetzen?
• Welche Gründe lassen sich dafür anführen, dass individuelle Arbeitsgruppen eine dezentrale digitale Forschungs-Infrastruktur pflegen, statt sich auf zentrale Dienste der institutionellen Rechenzentren zu verlassen?

Für manche LabInform-Komponenten gibt es bereits Dokumentation etc.

Demoinstanz:

https://eln.labinform.de/

Dokumentation

https://eln.docs.labinform.de/

Preprint (ChemRxiv)

https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-2tvct

Dokumentation

https://datasafe.docs.labinform.de/

Demoinstanz:

https://demo.wiki,labinform.de/

Hier fehlen allerdings zu manchen Bereichen aktuell (07/2024) noch die Inhalte.

Für die ELN-Komponenten vgl. die ELN-Demoinstanz: https://eln.labinform.de/

Eine kommentierte und handverlesene Liste mit weiterführender Literatur zum Thema. Die Auswahl ist zwangsläufig subjektiv.

Das (zugegeben nicht mehr ganz aktuelle) Manuskript zu LabInform ist als Preprint auf ChemRxiv verfügbar: [Biskup, 2022Biskup, Till (2022): LabInform: A modular laboratory information system built from open source components, ChemRxiv 2022:1-8].

Eine sehr gute Einführung in Versionsverwaltung allgemein und die Spezifika von git liefert das Pro Git book [Chacon, 2014Chacon, Scott; Straub, Ben (2014): Pro Git, Apress, New York], das online frei verfügbar ist – sowohl als Webseite im HTML-Format als auch als PDF oder Ebook.

• Biskup, Till (2022): LabInform: A modular laboratory information system built from open source components, ChemRxiv 2022:1-8
• Chacon, Scott; Straub, Ben (2014): Pro Git, Apress, New York